Enzympreparaterer avledet fra organismer og er generelt tryggere og kan brukes i passende mengder i henhold til produksjonsbehov. Det er tre hovedgrupper av mikroorganismer som produsererenzympreparater: filamentøse sopp, gjær og bakterier, hovedsakelig ved bruk av gode luftbakterier. Stammer og bruk av flere hovedindustrienzymer er som følger:
(1) Amylaser
Amylase hydrolyserer stivelse for å produsere pasty malto-oligosakkarider og maltose. Den produseres hovedsakelig ved nedsenket gjæring av Bacillus subtilis og Bacillus licheniformis av slekten Bacillus, og sistnevnte produserer termostabile enzymer. I tillegg produseres den også av nedsenket og halvfast gjæring med stammer av Aspergillus og Rhizopus, som er egnet for matforedling. Amylase brukes hovedsakelig til sukkerfremstilling, tekstilavgrensning, gjæring av råmaterialebehandling og matforedling. Glukoamylase kan hydrolysere stivelse til glukose, som nå nesten produseres av Aspergillus niger nedsenket gjæring for sukkerproduksjon, alkoholproduksjon, gjæring av råvarebehandling, etc.
(2) Protease
De mest brukte stammer og produksjonsvarianter. Bruk Bacillus licheniformis, Bacillus pumilus og Bacillus subtilis til å produsere bakteriell protease ved nedsenket gjæring; bruk Streptomyces og Aspergillus nedsenket gjæring for å produsere nøytral protease og Aspergillus acid protease for skinndepilering, pelsmykning, apotek og matindustri; Noen bakterier av slekten Mucor gjennomgår halvfast gjæring for å produsere løpe, som erstatter løpe opprinnelig ekstrahert fra kalven mage i produksjon av ost.
(3) Glukoseisomerase
Et utvalg som utviklet seg raskt på 1970-tallet. Først, nedsenket gjæring brukes til å oppnå Streptomyces-celler. Etter immobilisering omdannes glukoseoppløsningen til en sirup som inneholder ca. 50% fruktose. Denne sirupen kan brukes i næringsmiddelindustrien i stedet for sukrose. Å bruke amylase, glukoamylase og glukoseisomerase til å produsere fruktosesirup fra maisstivelse har blitt en av de fremvoksende sukkerindustriene.
