L-cystein brukes hovedsakelig innen medisin, kosmetikk, biokjemisk forskning; brukes i brødmaterialer for å fremme dannelsen av gluten og fremme gjæring, mugg og forhindre aldring. Brukes i naturlig juice for å forhindre oksidasjon av vitamin C og forhindre at juice blir brun. Produktet har avgiftningseffekt, kan brukes til akrylnitrilforgiftning, aromatisk acidose.
Acetylcystein, også kjent som N-acetylcystein eller N-acetyl-L-cystein (NAC), er et medikament som brukes til å behandle overdosering og for å løsne tykt slim som i cystisk fibrose eller kronisk obstruktiv lungesykdom.